وفات وى به قول مشهور در سنهء 618 بوده است در موقع فتح خوارزم به دست لشكر مغول كه وى در آن واقعه به شهادت رسيده است ، اولين كسى كه به اين فقره اشاره نموده تا آنجا كه اطّلاع داريم رشيد الدّين فضل اللّه وزير است در جامع التواريخ كه در حدود 710 تأليف شده و عين عبارت او از قرار ذيل است « چنگيز خان چون آوازهء شيخ نجم الدّين شنيده بود به وى كس فرستاد كه من خوارزم را قتل عام خواهم كرد و آن بزرگ بايد كه از ميان ايشان بيرون رود و به ما بپيوندد ، شيخ رحمة اللّه عليه در جواب گفت كه هفتاد سال با تلخ و شيرين روزگار در خوارزم با اين طايفه به سر برده‌ام اكنون كه هنگام نزول بلاست اگر بگريزم از مروّت دور باشد ، بعد از آن او را از ميان كشتگان باز نيافتند ، و السّلام » - پس از آن در تاريخ گزيده و تاريخ يافعى و نفحات و روضة الصفا و حبيب السير و ساير كتب تواريخ و تذكره‌ها اين فقره را متدرّجا با شاخ و برگهاى بسيار تكرار كرده‌اند و هر چه از اصل واقعه دور تر مىشويم زوايد و تفاصيل افسانه مانند بسيارى مىبينيم كه بر اين حكايت سهل و سادهء طبيعى جامع التواريخ علاوه شده است ولى عجيب است كه در تاريخ جهانگشاى جوينى كه قريب پنجاه سال قبل از جامع التواريخ تأليف شده و صاحب آن علاء الدّين عطاملك جوينى از همه كس بيشتر از وقايع اوايل خروج مغول و نيز از اوضاع و احوال خوارزم با خبر بود و يك جلد تمام از تاريخ او منحصرا مخصوص تاريخ خوارزمشاهيان است مطلقا و اصلا ذكرى و اشاره‌يى به اين فقره يعنى قتل شيخ نجم الدّين كبرى در وقعهء خوارزم يافت نمىشود و همچنين زكريا بن محمّد قزوينى در آثار البلاد كه آن نيز قريب چهل سال قبل از جامع التواريخ تأليف شده در ذيل « خيوق » ترجمهء احوال ممتعى از نجم الدّين كبرى نگاشته ولى مطلقا و اصلا از حكايت شهادت او در وقعهء خوارزم ذكرى در ميان نياورده سهل است تاريخ وفات او را هم در حدود ششصد و ده ضبط كرده يعنى هشت سال قبل از واقعهء خوارزم ، در خصوص مرقد شيخ نجم الدّين كبرى نيز ما بين بعضى مورّخين تناقض عجيبى مشاهده مىشود ، در تاريخ گزيده كه در سنهء 730 تأليف شده پس از ذكر شهادت او گويد « مزارش ناپيداست » و حال آنكه در سنه 733 يعنى فقط سه سال بعد از تاريخ تأليف گزيده كه ابن بطوطه در آن سال به خوارزم رسيده بود مرقد او را به عبارت ذيل وصف مىكند : « و بخارج خوارزم زاوية مبنيّة على تربة الشيخ نجم الدّين الكبرى و كان من كبار الصالحين و فيها الطعام للوارد و الصادر » و مرحوم